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通常酸性蛋白酶的抑制劑主要是重氮酮化合物和十二烷基硫酸鈉。霉菌來源的酸性蛋白酶通常并不受胃蛋白酶抑制劑-對(duì)溴苯的抑制，但卻對(duì)N-溴代琥珀酰亞胺和高錳酸鉀敏感。此外，并非每種酸性蛋白酶都會(huì)被胃蛋白酶抑制劑或鏈霉素胃蛋白酶抑制劑（S-PI）抑制，如黑曲霉所產(chǎn)酸性蛋白酶A1、A2所產(chǎn)酸性蛋白酶4對(duì)其均不敏感。某些青霉屬的微生物和根霉屬的中華根霉所產(chǎn)酸性蛋白酶見光會(huì)被2,3-丁二酮作用而失活，這可能與酶的活性部位含酪氨酸以及色氨酸有關(guān)。另外，沙門拍干酪青霉產(chǎn)的門冬氨酸蛋白酶可被1,2-環(huán)氧3-（對(duì)硝基苯）丙烷（EPNP）、重氮乙酰DL-亮氨酸甲脂（DAN）及胃蛋白酶抑制劑所抑制，這與門冬氨酸蛋白酶中的羧基在其催化反應(yīng)中起關(guān)鍵作用有關(guān)。黑曲霉所產(chǎn)的B型蛋白酶，受二硫代雙2-硝基苯甲酸（DTPB）、EPNP及DAN的抑制，而A型酶完全不被EPNP抑制，只被DAN及重氮試劑部分抑制，需要指出的是，上述試劑對(duì)A\B兩種酶的都需要有鈣離子的參加。對(duì)啤酒酵母所產(chǎn)的胞外酸性蛋白酶的研究表明，其可被甲苯磺酰氟和對(duì)氟汞苯甲酸部分抑制。另外，從日本清酒酒曲中分離出的酸性蛋白酶，其性質(zhì)類似于“胃蛋白酶”型酸性蛋白酶，可被EPNP和胃蛋白酶抑制劑所抑制，但對(duì)對(duì)-溴苯和聯(lián)乙酰試劑不敏感。